Cena M. R. Štefánika vznikla z iniciatívy Francúzskeho veľvyslanectva na Slovensku (Oddelenie pre spoluprácu a kultúrnu činnosť – SCAC) a Ministerstva školstva, vedy, výskumu a športu SR v spolupráci s Agentúrou na podporu výskumu a vývoja (APVV) pri príležitosti 10. výročia programu PHC Štefánik. Hlavnou motiváciou bolo zviditeľniť výsledky francúzsko-slovenskej bilaterálnej spolupráce a oboznámiť širokú verejnosť o existencii tejto možnosti podpory.

Cena M.R. Štefánika je udeľovaná každé dva roky na základe výzvy na predloženie žiadostí. Laureátov vyberá zmiešaná francúzsko-slovenská hodnotiaca komisia. Cena odmeňuje projekt za najväčší prínos v oblasti bilaterálnej francúzsko-slovenskej vedeckej spolupráce. O cenu sa môže uchádzať len slovenský vedecký kolektív, ktorý bol v minulosti zapojený do projektov bilaterálnej spolupráce Štefánik.